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  • 結合位點數據庫

    結合位點數據庫

    一,結合位點數據庫

    分子對接、藥效團識別等計算通常需要準備受體結構、共晶的配體結構以便進一步計算,通常情況下, 這個預處理包括:提取復合物結構的配體、加氫,對氫進行能量優化等操作。還有的軟件,比如AutoDock Vina,與PLANTS等,還會用到活性位點的中心坐標。這個準備過程很繁瑣,本數據庫意圖為大家準備現成的配體、受體結構以便拿來就用。

    本數據庫為大家提供了適用于分子對接使用的靶點蛋白與共晶配體的mol2文件,并給出結合位點中心坐標(AutoDock VINA格式,可以直接復制粘貼保存為配置文件直接給Vina使用)信息。本數據庫的再一個目的是提供便利的靶點搜索方式:只要提供靶點名稱,PDB代碼,Uniprot名稱等就可以方便獲得結合位點與結構文件信息。

    本數據庫以scPDB為基礎建立,全部信息與文件均來自scPDB。

    二、能用來做什么

    1,用蛋白名稱、PDB代碼、Uniprot名稱或ID等搜索數據庫;
    2,下載現成直接適合于分子對接使用的蛋白與配體文件;
    3,適用于Surflex-Dock,AutoDock VINA,GOLD, PLANTS,DS,Schrodinger,DOCK6等常見虛擬篩選軟件;
    4,了解靶點結合口袋的多樣性。

    三、使用方法

    請用Firefox瀏覽器以便支持html5。

    請在Query框里鍵入靶點名稱(e.g. Protease)、PDB代碼 (e.g. 1fm9) 或Uniprot名稱等 (e.g.EGFR_HUMAN),選擇一個PDB結構,然后點擊search按鈕:




    四、將來會增加的功能

    1,關聯疾?。喊醇膊∷阉靼悬c
    2,在線分子對接與虛擬篩選

    五、相關教程與技術服務

    六、聯系我們,反饋信息

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