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  • Tag Archives: Cresset

    Flare V3正式發布

    Flare? V3正式發布–包含FEP與新的工作流

    FLARE V3正式發布,新特性包括可靠、充分驗證的自由能微擾(FEP)計算;多種分子對接(Docking)方式,包括共價對接、模板對接,提升性能的Lead Finder分子對接;整合了Forge的基于配體的疊合,可以進行構象搜索、基于場、形狀與子結構疊合;還提供了分子動力學模擬以及100多個新功能與改進。

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    Alex等人的深度學習藥物設計流程

    用SPARK基團替換策略重現深度學習DDR1抑制劑的發現

    本文以DDR1抑制劑Ponatinib為起始化合物,用SPARK對其進行了基團替換計算實驗。結果表明,SPARK在不到10分鐘的時間內完成了計算,不僅獲得了Alex等人采用深度學習生成化合物1的甲基哌嗪衍生物,而且該類化合物被SPARK打分后排序靠前(排名第一)。這說明SPARK比起深度學習在使用上可以更加簡單、直接地獲得目標化合物。

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    連接臂的設計

    SPARK案例 | 拜爾發現通過干擾RAS-SOS1相互作用能夠阻斷RAS激活的SOS1抑制劑

    本文分享了拜爾公司科研人員用SPARK發現高效、選擇性的SOS1抑制劑的研究過程:首先用片段篩選與高通量篩選發現了與SOS1結合的片段F1與化合物17;發現它們分別結合于SOS1的子結合口袋與主結合口袋;F1與17有部分重合,刪除該重合后用Spark合理地設計了連接F1與17的連接臂;最后發現了化合物BAY-293,是一種KRAS-SOS1相互作用強效、選擇性的抑制劑。

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    藥效團識別流程

    FieldTemplater

    FieldTemplater藥效團識別的假設是:兩個分子以相似的結合模式(相互作用方式)結合到蛋白的同一個結合位點,因此化合物應該有高度相似的場點模式。FieldTemplater因此遍歷一組配體的構象空間、并識別其公共場模式。多個結構多樣化合物的場模式很可能就解釋了這些化合物與靶標的結合模式。

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    苯丙氨酸類

    PickR用于氨基酸側鏈的設計

    PickR最早由諾華與Cresset合作開發挑選DNA編碼庫(DEL)的構建塊(Building Block,BB)而設計的。PickR將Novartis的方法規范化為一個新的計算工具。用于選擇結構多樣的試劑并合并到化合物庫中。與其他方法不同,PickR使用分子的靜電和形狀性質來生成描述符矩陣作為結構多樣性選擇的基礎。在過去幾年中,PickR方法廣泛地應用于多種類型的化合物庫設計,并贏得了良好聲譽。本文提供了一個用PickR設計多樣氨基酸側鏈庫的算例以展示PickR的性能。

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    Lead Finder workflow

    Lead Finder

    Lead Finder是一款全新的分子對接軟件,其設計的目的是用來滿足計算化學家和藥物化學家在藥物發現過程中的需求,可以用于(1)虛擬篩選哪發現全新的先導化合物;(2)對活性化合物的高富集能力設計集中庫;(3)預測活性化合物的3D結構;(4)快速地評估新設計的分子是否與結合位點匹配。

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