草莓av|日本高清视频色视频免费|婷婷丁香五月
<dd id="2go2i"><input id="2go2i"></input></dd>
  • <dd id="2go2i"><u id="2go2i"></u></dd>
  • CONFLEX應用案例第二期–芪類寡聚物脫氫反應:實驗與理論ECD譜確定絕對構型

    CONFLEX應用案例第二期

    –芪類寡聚物脫氫反應:實驗與理論ECD譜確定絕對構型

    文獻來源

    Tetsuro Ito, Tatsuo Nehira. Dehydroxylation of stilbenoid oligomers: absolute configuration determination via comparison of experimental and theoretical electronic circular dichroic spectra. Tetrahedron Letters 55 (2014) 314–318.

    摘要

    白藜蘆醇是茋類化合物的一個關鍵砌塊(building block)。由于它多樣的生物活性,包括腫瘤化學預防活性和抗衰老作用,引起了廣泛關注。茋類化合物通常在一些植物系的白藜蘆醇寡聚物(ResOligos)中發現。隨著ResOligos及其引人注目的生物活性被陸續報道,它們的結構解析變得越來越重要。

    ResOligos的結構解析通常采取NMR技術確定其原子連接。但是,ResOligos存在手性中心,NMR技術僅能夠確定其相對構型。為了確定其絕對構型,Tetsuro Ito及其同事采用廣泛使用的實驗與理論電子圓二色譜(electronic circular dichroism,ECD)比較分析的方法。構象分析是理論計算ECD的一個重要過程,然而,在該過程中,他們發現產生的構象太多,難以全部進行高精度的計算。為了解決該難題,作者采用一種混合的化學關聯方法,即首先對目標分子進行脫氫反應,然后對脫氫產物進行構象分析,通過確定產物的絕對構型從而推測目標分子的絕對構型。為了檢驗該方法的可行性,作者還首先采用兩個絕對構型已知的ResOligos進行模擬實驗。驗證結果表明,該方法簡單可靠,與報道的結果相一致。

    計算步驟

    方法檢驗

    1.脫氫反應

    對化合物1a的三氟甲烷磺酸酯使用Mori等人報道的Pd/C-Mg介導的脫氫反應,得到脫氫產物1c;對另一個化合物2a以4a為起點采用類似方法得到脫氫產物4c,再轉化為2c(圖1)。

    圖 1. 白藜蘆醇衍生物及其三氟甲烷磺酸酯和脫氫衍生物的結構

    圖 1. 白藜蘆醇衍生物及其三氟甲烷磺酸酯和脫氫衍生物的結構

    2. 構象分析

    使用CONFLEX 6在MMFF94S力場下對化合物1c和2c進行構象分析,分別得到2個穩定構象。

    3. 結構優化

    使用Gaussian 09在B3LYP/6-31G(d)理論水平下進行結構優化計算。

    4. 能量計算

    對優化好的結構,采用時間依賴的密度泛函(TDDFT)方法,在B3LYP/TZVP理論水平下計算能量。

    5. 玻爾茲曼校正

    將旋轉強度轉化為高斯型曲線,獲得ECD譜,再根據玻爾茲曼分布,對各個構象的圖譜進行疊加,得到加權ECD譜。

    6. 圖譜比較

    與實驗ECD譜比較,確定1c和2c的絕對構型,結論與報道的相一致(圖2)。

    圖2,脫氫產物1c(a)和2c(b)的實驗和計算ECD譜

    圖2,脫氫產物1c(a)和2c(b)的實驗和計算ECD譜

    實際應用

    采用上述經過檢驗的方法,對化合物3a進行結構確證。通過確定其脫氫化合物3c的絕對構型,推測3a的絕對構型(圖3)。
    圖 3. 脫氫產物3c的實驗和計算ECD譜

    圖 3. 脫氫產物3c的實驗和計算ECD譜

    結論

    通過比較實驗和理論計算的ECD譜,能夠有效地確定化合物的絕對構型。在ECD計算過程中,構象分析是關鍵的一環。采用CONFLEX 6程序能夠地獲得化合物的所有構象及其分布比例,從而為ECD計算提供有效的初始結構。采用混合的化學關聯方法,對目標化合物進行結構簡化,能夠有效地減少構象數目,從而減少計算量及計算誤差。另一方面,依據玻爾茲曼分布對各個構象的ECD譜進行加權疊加,能夠獲得與實驗ECD譜一致的良好結果。

     

    亮點

    采用混合的化學相關方法,對目標化合物采用脫氫反應進行結構簡化,從而有效地減少構象數目及計算量;

    采用CONFLEX進行構象分析,為Gaussian進行ECD計算提供有效的初始結構;

    依據玻爾茲曼分布對各個構象的ECD譜進行加權疊加,獲得與實驗非常相似的圖譜,提高結構確證的準確度。

    關鍵軟件與技術

    CONFLEX的構象分析技術、Gaussian 09的TDDFT計算及玻爾茲曼加權疊加技術。

    下載PDF文檔

    點擊下載:http://www.crux-2017.com/wp-content/uploads/2015/01/CONFLEX應用案例第二期.pdf

    聯系我們獲取試用

    在試用期購買,有10%優惠!

    姓名 (必填)

    郵箱 (必填)

    電話(必填)

    單位(必填)

    地址 (必填)

    主題

    你的留言

    草莓av
    <dd id="2go2i"><input id="2go2i"></input></dd>
  • <dd id="2go2i"><u id="2go2i"></u></dd>