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    Flare V5

    Flare V5發布:創新的科技以及基于配體與基于結構方法的協同

    本文介紹了最新版本Flare V5的功能與特性,包括:整合了基于配體的方法Forge;基于結構與基于配體方法的協同使用;GIST水分子分析方法;增強的FEP相對結合自由能計算;更快速的分子動力學模擬與增強的結果分析表單;基于場的藥效團模擬與生物活性構象預測;全功能Python API。

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    真實世界的藥物設計

    真實世界的分子設計

    羅氏的科學家們分享了一系列小分子藥物發現案例,在這些案例中計算方法前瞻性地影響了羅氏的研究項目,目的是凸顯那些能夠實際帶來附加值的方法。本文簡述了應用于各種酶和受體的方法和技術,其中大多數是關于對分子構象和相互作用知識恰如其分的應用:填充親脂性口袋以獲得親和力或選擇性、添加極性取代基、骨架躍遷、SAR轉移、構象分析和分子疊合。其中一個案例是序列驅動的集中篩選,闡明了適當的信息預處理是如何使高效地利用先驗知識成為可能。他們的結論是,使化學家能夠專注于化學空間中有希望的區域的定性陳述往往比定量預測更有效。

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    反應設計

    Gaussian案例 | 嘧啶與炔烴環加成反應的理論設計

    目前大多數計算研究還局限在理解現有的實驗現象上,將計算化學作為一個手段,在研究初期提供定量的指導還并不多見,為了探究這種可能性,我們介紹了一篇2019年Blanchard課題組發表在JACS上的工作,我們將采用一種問題導向的策略逐步趨向目標的實現,并闡明如何利用理論計算實現一個反應的設計:嘧啶與炔烴的環加成反應。

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    Flare Viewer Gird視圖

    Flare Viewer: 免費、高質量的藥物設計視圖工具

    利用強大的分子可視化技術和Cresset久經考驗的靜電技術可以深入了解蛋白質-配體復合物結構,通過高質量的圖形和交互式分析可以有效地傳達您的想法。Flare Viewer是基于結構藥物設計軟件Flare的免費許可組件,它是一款先進的分子可視化工具。在Flare Viewer中您可以使用免費的組件。

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    Flare V3正式發布

    Flare? V3正式發布–包含FEP與新的工作流

    FLARE V3正式發布,新特性包括可靠、充分驗證的自由能微擾(FEP)計算;多種分子對接(Docking)方式,包括共價對接、模板對接,提升性能的Lead Finder分子對接;整合了Forge的基于配體的疊合,可以進行構象搜索、基于場、形狀與子結構疊合;還提供了分子動力學模擬以及100多個新功能與改進。

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    氫鍵與鹵鍵的計算

    Gaussian教程 | 氫鍵與鹵鍵的計算以及BSSE校正

    本文介紹了氫鍵(H-Bond)、鹵鍵(X-Bond)、分子間相互作用能以及基組重疊誤差(BSSE)等相關概念。并以HF與NH3形成的氫鍵和IF與NH3形成的鹵鍵為例,詳細演示了如何利用Gaussian程序中的CP校正方法修正基組重疊誤差(BSSE),以獲得更精確的分子間相互作用能。

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    選擇性JAK3抑制劑PF-06651600的設計

    選擇性JAK3抑制劑PF-06651600的設計

    大量致力于JAK激酶抑制劑的發現工作最終將幾種化合物推進到臨床開發并有兩個被FDA批準。盡管在過去20年中付出了巨大的努力,但是高選擇性的JAK3抑制劑一直未能找到。輝瑞公司的研究人員經過巨大的努力發現了首個口服活性的JAK3特異性抑制劑,其通過與JAK3特有的殘基CYS-909共價相互作用實現JAK同工酶選擇性抑制。JAK3酶共價抑制劑設計的難點在于其具有相對快速的再合成速率,因此要求該酶的共價抑制劑不僅具有合適的藥動學性質(pharmacodynamics properties)而且還要將不希望的脫靶反應性限制到最小范圍。本研究的努力最終發現了化合物11(PF-06651600),不僅具有體內活性而且清除率較低。鑒于化合物11的有利藥效和安全性,該化合物進入臨床研究評價階段。

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    水分子的鹵鍵替換策略

    水分子的鹵鍵替換

    在基于結構的藥物設計領域中,蛋白質電負性原子與配體鹵素原子之間的鹵鍵相互作用日益受到關注。本文的研究者分析了配體鹵原子和蛋白主鏈羰基之間的特征性鹵鍵相互作用的晶體結構的結合位點水性質,發現:1)參與鹵鍵相互作用的鹵原子在配體結合后經常替換計算出的結合位點的水;2)鹵鍵相互作用的優勢方向與這些被取代的水的取向很好地吻合;3)被鹵素替換后形成與不形成鹵鍵相互作用的水表現出不同的能量特性;4)替換計算的結合位點水有助于形成有利的鹵鍵相互作用。這為如何在理性藥物設計中利用鹵鍵與蛋白主鏈羰基的相互作用提供了實用的方法。

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